Muzeu Historik i Shkodrës hapi dyert për publikun në vitin 1947 dhe fillimisht njihej si “Muzeu i Popullit”. Që nga viti 1949, muzeu u themelua zyrtarisht me të gjithë komponentët e tij ekzistues. Ai ndodhej në qendër të qytetit, në një ndërtesë monumentale të shekullit të XIX, dhe rëndësia e tij u rrit edhe më shumë për shkak të pranisë së Kulla e Sahatit pranë.

Muzeu u krijua fillimisht nga donacionet e koleksioneve të vjetra të konventave Jezuite dhe Françeskane. Pjesët fillestare datojnë nga fundi i shekullit XIX, si dhe nga koleksione private të familjeve të shquara shkodrane. Fondet u pasuruan më tej përmes donacioneve, blerjeve, gjetjeve rastësore dhe gërmimeve arkeologjike.

Gjatë viteve në vazhdim u ngritën edhe muze të tjerë dhe shtëpi-muze, duke formuar një rrjet prej shtatë qendrash muzeale në qytetin e Shkodrës.

Në vitin 1996, Muzeu Historik u transferua në ndërtesën monumentale të rikonstruktuar të Oso Kukës, një shtëpi tradicionale shkodrane, ku ndodhet edhe sot.

Muzeu “Rozafa”, i hapur në vitin 1987 dhe i vendosur në repartin e kapitenit brenda Kalaja e Shkodrës, shton rëndësinë dhe atraktivitetin e Muzeut Historik.